魔法少女奈叶剧场版小智在旅行途中遇到的少年，遥人。他身上有某个秘密？　　小智和母亲花子约定好在隔壁镇上见面，然而在他睁开眼睛的时候却发现，皮卡丘不见了？！此时遥人出现在正在寻找皮卡丘的小智面前。　　小智跟着遥人前往寻找夺走皮卡丘的那群可疑人物。关系逐渐变好的两人……将面临冲击性的事实！！　　遥人遇到的抓走皮卡丘的穿着奇怪服装的可疑人物，果然是火箭队呢！有种预感，感觉还会有其他事情会发生……