晶码战士2本剧讲述了六扇门捕头云飞飞和乾坤帮位高权重的顾临渊，二人是水火不容的死对头，头一次碰面就剑拔弩张，然而揭开神秘面纱后，彼此竟是分别多年刻骨铭心的恋人，于是两人再次情难自禁，在困境中不顾一切彼此相守。随着两人的破镜重圆，当年尘封的谜团也逐渐被解开。