魔法少女奈叶剧场版医生肖砚怀着失去未婚夫林志远的伤痛来到桐山医院急诊科，与医生白术在新成立的EICU（急诊重症监护室）用精湛医术救治一个又一个危急的患者，在日以继夜的医疗工作中，二人打开心结发现了彼此的相同点和闪光点，并最后放下了心中的执念与成见。急诊科的医生们被病人身上发生的一幕幕人生故事、情感故事触动，一起经历着生命的考验、人性的拷问。众人克服分歧、排除万难拼尽全部的力量守住生命保卫战的最后一道门。